Η Κρήτη ως στρατηγικό σημείο στην ανατολική Μεσόγειο αποτέλεσε πρόκληση για τη Ρωμαϊκή αυτοκρατορία και έτσι το 74 π.Χ. ο Μάρκος Αντώνιος ξεκίνησε μια εκστρατεία ενάντια στο νησί, που απέτυχε καθώς οι Κρήτες τον νίκησαν στη θάλασσα. Το 67 π.Χ. το νησί της Κρήτης, μετά από σκληρή αντίσταση χρόνων, πέρασε στα χέρια των Ρωμαίων.

Ακολούθησε μια ειρηνική περίοδος στο νησί όπου πολλές πόλεις, με διοικητικό κέντρο τη Γόρτυνα, γνώρισαν σημαντική ανάπτυξη και απέκτησαν πολυτελή οικοδομήματα όπως ναούς, ωδεία, στάδια και λουτρά. Ανάμεσά τους ξεχώρισαν η Κνωσός που κατάφερε να επεκταθεί σημαντικά, η Κυδωνία, τα Άπτερα, η Ιεράπετρα, η Φαιστός, η Λυττός και η Ελευθέρνα. Η παρουσία των Ρωμαίων δεν επηρέασε ιδιαίτερα την καθημερινή ζωή και τις συνήθειες των κατοίκων που διατήρησαν τη γλώσσα τους και τις λατρευτικές τους συνήθειες.

Την περίοδο αυτή, οι Κρήτες ήρθαν σε επαφή με τον Χριστιανισμό από τον Απόστολο Παύλο και ιδρύθηκε η πρώτη εκκλησία από το μαθητή του και πολιούχο του νησιού, Τίτο. Το 330, μετά τη διάσπαση του ρωμαϊκού κράτους σε ανατολικό και δυτικό, η Κρήτη πέρασε στη κυριαρχία του Βυζαντίου. Με την ένταξη της Κρήτης στο ανατολικό Βυζάντιο και μέχρι την κατάκτηση από τους Άραβες, δεν υπήρχαν σημαντικά γεγονότα, αν εξαιρέσουμε κάποιες επιδρομές που έγιναν.