To 1645, 60.000 Τούρκοι με επικεφαλής τον Γιουσούφ Πασά αποβιβάστηκαν στην Κρήτη και κατέλαβαν τα Χανιά και το Ρέθυμνο. Μετά από σκληρή πολιορκία 21 ετών, στις 27 Σεπτεμβρίου 1669, ο Χάνδακας, το τελευταίο προπύργιο αντίστασης, παραδόθηκε από το Φραγκίσκο Μοροζίνη στον Τούρκο Αχμέτ Κιοπρουλή. Έτσι, σχεδόν ολόκληρη η Κρήτη, βρέθηκε στα χέρια των Τούρκων.

Η περίοδος της Τουρκοκρατίας χαρακτηρίζεται από μεγάλες καταστροφές, δήμευση όλων των περιουσιών από το Σουλτάνο και σκληρό διωγμό του χριστιανικού στοιχείου, παρά τα όποια προνόμια που είχε παραχωρήσει ο Μωάμεθ Β΄στο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Το μεγαλύτερο μέρος των εκκλησιών έγιναν τζαμιά και ο πληθυσμός σφαγιάστηκε και αιχμαλωτίστηκε. Οι Κρητικοί που δεν εγκατέλειψαν το νησί, αν και ζούσαν κάτω από άθλιες συνθήκες φτώχειας και καταπίεσης, αντιστάθηκαν με όλα τα μέσα που διέθεταν. Το 1692 δεν δίστασαν να συμπράξουν με τους Βενετούς, σε μια τελικά αποτυχημένη προσπάθεια αποτίναξης του τούρκικου ζυγού, γεγονός που προκάλεσε τον εχθρό και στοίχησε τη ζωή πολλών χριστιανών. Μια ανάλογη προσπάθεια έγινε υπό τη βοήθεια των Ρώσων το 1770, που όμως σφραγίστηκε κι αυτή με αίμα. Ωστόσο οι Κρητικοί, γενναίοι και θαρραλέοι, δεν εγκατέλειψαν τον αγώνα. Στο διάστημα 1821-24 το νησί απελευθερώθηκε στο μεγαλύτερο μέρος του και αν ο Αιγύπτιος Μεχμέτ Άλη δεν πρόστρεχε σε βοήθεια του Σουλτάνου όλο το νησί θα απελευθερωνόταν.

Οι συνθήκες που ακολούθησαν μετά τη σύσταση του Ελληνικού Κράτους επέτρεψαν στο Σουλτάνο να τη δωρήσει στην Αίγυπτο μέχρι το 1840, όπου οι εξεγέρσεις κορυφώθηκαν και δόθηκαν πολλά προνόμια στο πληθυσμό. Το γεγονός αυτό προκάλεσε την οργή των Τούρκων και σημειώθηκαν οι πιο βίαιες συγκρούσεις πάνω στο νησί με αποκορύφωμα την επανάσταση του 1895-96, τη Μάχη της Κρήτης το 1866-68 και το ολοκαύτωμα της Μονής του Αρκαδίου. Ακολούθησαν συνεχείς εξεγέρσεις που οδήγησαν το 1898 στην ανακήρυξη της Κρήτης ως ανεξάρτητη "Κρητική Πολιτεία" που εγκαινιάζει μια περίοδο που ο πληθυσμός προσπαθεί να επιβιώσει και να επουλώσει τις πληγές των δυο αιώνων σκλαβιάς.